Der Film setzt die Handlung des Spiels Final Fantasy VII fort. Er spielt auf dem fiktiven Planeten „Gaia“, der von dem Shinra-Konzern beherrscht wurde. Dieser hatte die sogenannte Mako-Energie entdeckt, die durch das Anzapfen des Lebensstroms, der den gesamten Planeten durchfließt, gewonnen wird. Doch den Planeten auszunutzen hatte katastrophale Auswirkungen.

Der Film spielt zwei Jahre später in der Stadt Edge, welche rund um Midgar gebaut wurde und wo Menschen von einer unheilbaren Krankheit namens Geostigma geplagt werden. Diese wird ausgelöst durch die Verseuchung des Lebensstromes durch Jenovas Zellen und den willentlichen Einfluss des Antagonisten von Final Fantasy VII, Sephiroth.

Die drei Jugendlichen, Loz, Yazoo und ihr Anführer Kadaj, glauben ihre „Mutter“ (Jenovas Kopf) bei Sephiroths früherem Feind finden zu können. Das ist Hauptcharakter Cloud, der, von früheren Ereignissen des Kämpfens müde und von Schuldgefühlen wegen des Todes zweier Freunde geplagt, sich von seinen alten Freunden größtenteils abgeschottet hat und jetzt zusammen mit Tifa und den Waisenkindern Denzel und Marlene lebt. Die Waisenkinder sowie Cloud leiden ebenfalls an der Krankheit Geostigma, deren Ursachen ihnen nicht bekannt sind.

Nach Angriffen auf Cloud, Tifa sowie den als tot geltenden Präsidenten des Shinra-Konzerns Rufus, muss sich Kadaj etwas einfallen lassen, wie er seine „Mutter“ finden will. Dazu überredet Yazoo an Geostigma erkrankte Kinder mit ihm mitzukommen, indem er ihnen verspricht, sie von ihrem Leiden zu befreien. Auch Waisenjunge Denzel folgt ihm. Marlene wird derweil bei Tifas Kampf mit Loz entführt.

Der zögerliche Cloud macht sich nun auf, die drei Silberhaarigen zu verfolgen, um die Kinder zurückzubringen. Kadaj hat unterdessen die Rückstände der Jenova-Zellen, die im Körper der Kinder durch das Geostigma vorhanden sind, aktiviert, um mit deren Hilfe den Fundort richtiger diesseitiger Jenova-Zellen herauszufinden, da jene dazu in der Lage sind, Jenova-Zellen zu spüren, was Kadaj und seinen „Brüdern“ nicht möglich ist. Nach einem Kampf mit den drei Männern, in dem Cloud unterlegen ist, da die Gegner in der Überzahl sind, muss er von Vincent, einem alten Freund, gerettet werden, der ihn über Kadajs Absichten informieren kann.

Cloud macht sich auf den Weg nach Midgar, wo Yazoo und Loz ein Denkmal abreißen, weil sie durch die Kinder fälschlicherweise glauben, dort befände sich ihre „Mutter“. Kadaj, der wie seine beiden Brüder ein Seelenfragment Sephiroths mit neuer Persönlichkeit ist und Gestalt durch das Geostigma angenommen hat, erklärt Rufus, dass durch die Reunion (auch Wiedervereinigung im Originalspiel), nach der es ihm instinktiv verlangt, Sephiroth zurückkehren wird, doch ist, obwohl er ein Teil Sephiroths ist, verwirrt aufgrund seiner eigenen, neuen Person und zweifelt daran, ob das Wesen Jenova ihn seinem eigentlichen, wahren Ich vorzieht. Daraufhin beschwört er das Monster Bahamut, welches das Denkmal des Meteorfalls zerstört und mit den anderen Monstern der Silberhaarigen die Stadt angreifen. Tifa schafft es, Denzel aus der Gewalt der drei Silberhaarigen zu befreien. Während Yazoo und Loz gegen Reno und Rude kämpfen, treffen nach und nach alte Freunde ein um gegen Bahamut zu kämpfen. Das sind Barret, Yuffie, Cait Sith, Red XIII (Nanaki), Cid und Vincent. Cloud schafft es mit Hilfe seiner Freunde, Bahamut zu besiegen.

Rufus, der dem Kampf zusammen mit Kadaj aus sicherer Distanz zugeschaut hat, offenbart Kadaj, dass er Jenovas Zellen die ganze Zeit bei sich trug. Daraufhin attackiert Kadaj Rufus wobei es ihm gelingt, den von Rufus beschädigten Behälter mit Jenovas Zellen in seinen Besitz zu bringen. Es beginnt eine Verfolgungsjagd zwischen Cloud und Kadaj, Loz und Yazoo. Mit Hilfe von Reno und Rude gelingt es Cloud schließlich, Kadaj zu stellen, der sich jedoch in eine alte Kirche (der Ort an dem Cloud Aerith zum ersten Mal begegnet ist) zurückzieht. Der Geist der verstorbenen Aerith lässt einen „heiligen Regen“ (im Originalspiel bekannt als Aeriths Ebene 4 Wechsel-LIMIT „Große Lehre“ und „Engelschor“, welcher die Charaktere im Kampf vollständig heilte und in den „Schild“-Zustand versetzte, um sie kurzzeitig beinahe völlig unverwundbar zu machen) regnen um Cloud vor einem Angriff Kadajs zu schützen und der zugleich Cloud vom Geostigma heilt, Kadaj jedoch Schmerzen zufügt. Wiederum gelingt Kadaj die Flucht, bis er schließlich am ehemaligen Hauptquartier des Shinra-Konzerns anhält. Nach einem kurzen Kampf zwischen Cloud und Kadaj besiegt Cloud Kadaj zwar, aber diesem gelingt es dennoch, sich mit den Jenova-Zellen zu vereinen und so wieder zu Sephiroth zu werden. Cloud muss sich erneut seinem alten Erzrivalen stellen, um zu verhindern, dass jener die Energie Gaias und aller anderen Planeten in sich aufnimmt und wie einst schon geplant über alle Seelen herrscht. Mit Hilfe seiner Erinnerungen und der Lösung seiner Schuldgefühle gelingt es ihm, Sephiroths Schwäche, seine Arroganz und Überheblichkeit Cloud gegenüber zu seinem Vorteil erneut zu nutzen und ihn in einem Moment der Überraschung zu besiegen. Dieser wird nach den prophezeienden Worten „Erinnerungen...können mir niemals gerecht werden.“ wieder zu Kadaj, welcher in Clouds Armen in den Lebensstrom, die Energie des Planeten, übergeht.

Der Regen heilt Cloud vom Geostigma und er wird nach schwerer Verwundung aus dem Jenseits von den verstorbenen Aerith und Zack ins Leben zurückgeschickt. Er erwacht in der Kirche und kann jetzt die anderen Menschen, die an Geostigma leiden, mit dem Wasser heilen, in dem er sitzt. Als er das sieht, erkennt er, dass sich der Kampf gegen Sephiroth gelohnt hat, und ist von seinen Schuldgefühlen befreit.